niekto zmazať súbory na serveri?
Samozřejmě. Pokud je to přihlášený uživatel s oprávněním modifikovat daný obsah (např. učitel upravující daný kurz), může to logicky udělat (a vždycky mohl).
Narozdíl od verzí Moodle 1.x však ve 2.x už odstranění souboru na jednom místě neovlivní další místa, kde se stejný soubor používá (pokud se nejedná o zástupce/alias). Doporučuji projít dokumentaci či zdejší fóra - již se to tu několikrát probíralo.