Jasně, prázdné adresáře mohou zabránit kompletnímu odstranění. O tom, zda některý z podadresářů obsahuje nějaký soubor, se můžeš přesvědčit např. následujícím příkazem v shellu:
$ cd /var/www/moodle/moodledata
$ find [1-9]* -type f
(pokud jako poslední znak zadáš "d" namísto "f", vypíše to naopka pouze všechny adresáře).
Držím palce.