システムの一般的な考え方をお伝えします（Moodleの内部を熟知しているわけではありません）。
キャッシュとは、（表示）速度を上げるために一時的にデータをプールする場所です。
たとえば、データを千円札、キャッシュをお店のレジ、テーマのデータが銀行にあるお札とします。
いま新札が発行されて銀行のお札はすべて新札になったとします。
店のレジの千円札は出入りがあるため新札旧札がまざっています。
この時、レジからお金を全部出して、銀行から入手した新札のみを入れるのが最も手っ取り早く
新札のみをお客さんに返すことができる方法だと思います。
>以前，moodledata内にあるcacheディレクトリを削除と書いてありましたが，削除するとどのような場合に作成されるのでしょうか？
Moodleも上記例の仕組みになっており、cacheを削除してそのページのデータを要求された時、新データのcacheが作成されると考えられます。
>また，削除しないと，テーマを修正しても，反映されないということでしょうか？
削除しなくても新データが来る場合もあります（新旧の千円札がレジに混ざっている状態）が、上記の例で考えると、削除するのが確実です。