Bonjour Émilie,
D'une part je me dis que j'ai eu du nez de désactiver ce paramètre sur la mienne dès le départ... Mon bureau serait sans doute déjà sous les flammes.
D'autre part, tu soulèves ici des interrogations auxquels je peux répondre, enfin je crois, mais d'autres auxquels j'aimerai également une réponse.
A la question 2, je pense que la plateforme prend le nom du premier enseignant qu'elle trouve dans la base de données (une requête avec "limit 1"). A priori, ce serait logiquement le premier inscrit en tant que tel. Donc je plussois ton hypothèse mais je nuance. Si tu crées un espace de cours pour A, que tu ajoutes B et que par la suite tu retires A pour finir par le rajouter à nouveau, les notifications devraient émaner de B. Pour résumer, ce n'est pas l'enseignant le plus ancien mais celui dont l'affectation est la plus ancienne. Dans 99% des cas, c'est équivalent.
Pour un cours sans enseignant, je pense que la plateforme s'appuie sur l'adresse no-reply (cf juste après).
S'agissant du troisième point, je suis mal à l'aise sur la façon dont la plateforme notifie certains messages. En effet, si on prend les notifications des forums, ces messages ne devraient pas, selon moi, être envoyés à la place de l'auteur. Ce n'est pas lui qui envoie ce courriel mais la plateforme qui notifie l'usager qu'un message le concerne sur un forum.
Il existe bien un paramètre "Adresse de non-réponse" (noreplyaddress) dans "Administration du site > Plugins > Notification des messages > Courriel" mais rien ne laisse penser que l'on puisse décider d'utiliser ce paramètre à la place de l'auteur des messages sur les forums.
Du coup, en formation, nombre d'étudiants répondent directement par mail à un message dont les échanges concernent souvent la promotion complète. Et c'est bien dommage car ce biais technique déforme la pédagogie 
A bientôt,
Patrick