Ciao Lucia,
le risorse lato server necessarie per far girare Moodle 2.5 sono maggiori di quelle necessarie per Moodle 1.9. A parità di risorse e senza nessuna ottimizzazione lato server, potresti riscontrare un divario di prestazioni.
Detto questo però prova anche ad accertarti che non siano attive alcune funzionalità che possono rallentare il funzionamento di Moodle, una di queste è la modalità "theme designer". Questo link può darti altri spunti: http://opensourceelearning.blogspot.be/2012/10/why-your-moodle-site-is-slow-five.html
Dovresti anche accertarti che il tuo Moodle utilizzi delle cahce per il codice (ad esempio APC) e anche verificare le effettive performance del database sottostante, Moodle 2.x utilizza il database molto di più di Moodle 1.9. Altra opportunità che ti offre Moodle 2.5 è quella di utilizzare un caching più generalizzato, cosa che in alcuni scenari può migliorare le prestazioni: http://docs.moodle.org/25/en/Caching