1. Как отражается в логах не знаю, но вы можете еще раз открыть то же окно, через которое вы импортировали вопросы, и посмотреть, остались ли там ваши xml-файлы или нет. По-моему бесхозные файлы удаляет cron через какое-то время, так что отключение электричества - не проблема.
2. В Moodle 2 та же история. Вы создаете ресурс типа файл, загружаете в него zip-архив, содержащий целый мини-сайт, распаковываете его там и указываете, какой файл там главный. Обычно это index.html.
3. В Moodle 1 и 2 при удалении курса удаляется все его содержимое, а пользователи из базы данных не удаляются, а только помечаются, как удаленные + изменяются некоторые поля в учетных записях удаленных.
Про скрипты не знаю. Я пользователь, а не тестировщик. Если система работает правильно и к ней претензий нет, то у меня никогда не возникало желание залезть в нее и перепроверить, а вдруг там что-то все-таки не так.