Что в config.php в параметре $CFG->directorypermissions?
Пользователь с какими правами, на какой странице (сообщение форума, создание ресурса, др.), в каком контексте, в какое хранилище пытается загружать файл? Опишите подробно: Что? Где? Когда?
Может где-то с разрешениями в ролях Мудл "начудили"?
Потому как поиск вашей ошибки приводит к 3-ем файлам, в которых проверяется: $instance->can_be_edited_by_user (может ли редактировать), has_capability('repository/'.$this->get_typename().':view', $currentcontext) (разрешение на просмотр этого типа хранилища в данном контексте)
Поэтому нужно определиться с местом, где это происходит и "плясать" дальше.
ЗЫ: Отладку включите на "Разработчик", может, какие ошибки покажет.