Nelson
Me temo que esto no es muy sencillo, pero supongo que tengas conocimiento de programación, así que ¡ánimo! Si quieres incluir un script de interfaz, deberías modificar el layout de los temas (son archivos php que están dentro de la carpeta /theme/el_tema_que_utilizas/layout) o utilizar el framework YUI, a depender de lo que quieras hacer.
Si lo quieres es utilizar JQuery, puedes encontrar algunos guidelines aquí y aquí.
Saludos