1. Si son archivos para subir a una clase como material después de modificar en tamaño máximo de archivos a subir en el ini.php debes ir a
Página Principal / ► Administración del sitio / ► Cursos / ► Ajustes por defecto del curso y modificar el "Tamaño máximo para archivos cargados por usuarios" donde debe aparecer el tamaño configurado en el ini.php en el comando post_max_size. En caso de no aparecer esta nueva opción deber restaurar los servicio (Si tu proveedor de hosting de lo permite).
Si te falla la opción anterior prueba montando o subiendo un archivo ini.php en el root de tu sitio y con los parámetros que deseas modificar, este al parecer reescribe los que tiene configurado el servidor.
2. Si los archivos son copias de seguridad y tratas de restaurarlos online, el proceso se queda en una pagina en blanco que nunca pasa de hay.
Este problema lo solucione realizando cambios en el archivo in.php y en gestor de repositorio:
Si tu moodle esta montado en un servidor compartido, es mejor subir los archivos por fpt después de modificar el ini.pho en estas lineas
post_max_size
max_execution_time
max_input_time
memory_limit
La forma en que moodle almacena los archivos en el repositorio cambio en la versión 2. por lo que te recomiendo ir a
Página Principal
/ ► Administración del sitio
/ ► Extensiones
/ ► Repositorios
/ ► Sistema de archivos
Y desde esta ubicacion en tu moodle, entres a Instancias de repositorios del sitio y crees una instancia en para subir en esta los archivos de gran tamaño.
El nombre de la instancia debe ser la misma que la carpeta que debes crear en moodledata en tu servidor que esta en el home de tu sitio.