hola Ruben..... lamentablemente en el campo de la informatica son tantas cosas que pueden ir mal.... y podrian estar produciendo este error.... podria ser configuracion.... problema de codigo....etc.
a menos que alguien tenga una mejor idea, yo sigo inclinandome por la RAM. segun muestras ya tienes 130mil filas en tu base de datos... pequeña no es.... tampoco es grande.... sin embargo sin suficiente ram no podras hacer nada.
supon que tienes como maximo 4GB ram... y en tu archivo php.ini unicamente tienes 500kb como maximo permitido de ram..... ahi ya tienes un problema ya que el script de respaldo no puede usar mas de los 500kb. por esto es muy importante que verifiques esto.
tambien es muy importante que determines cuanta ram dispones.... imagina que tienes 1 o 2 GB es muy probable que con esta cantidad no te alcanza para un proceso grande como lo es el respaldo (que esta entre los procesos que mas consumen recursos del computador)
es algo asi como que quieras cargar un buen juego 3D en una computadora con poca ram.... talves algunas cosas funcionen pero eventualmente fallara.
jc