Saludos Zuleima
Yo diria que es el editor que esta hacienod algo mal junto con pegado el moodle, el moodle 1.9 usa el editor FCKEditor este desde ya hace un tiempo se llama CMKEditor por que es comercial osea de paga, ya no es gratis.
Por tanto el FCKeditor es obsoleto y antiguo, funciona por lo general pero aveces cuando instalas moodle no marca ningun error pero falla, mas cuando cada dia sale nuevos navegadores.
En un proyecto que manejo donde se tiene este editor lo mismo pasaba con archivos de office 2010 por la extesion docx (por usar x) y cuando subian cosas las ponia mal o las ponia en zip
Creo que la solucion seria instalar moodle de nuevo si dices que desde el inicio te pasa