Hola 
El motor del banco de preguntas es completamente nuevo en la versión 2.1, así que realmente no se como interpreta los datos de preguntas anteriores. La única solución sencilla que veo es recuperar el banco de preguntas de la instalación anterior a partir de un backup, exportarlo e importarlo al nuevo banco de preguntas. Puede que una actualización a la 2.1 funcionase, pero habría que hacer pruebas antes.
Un tutorial que comenta los cuestionarios con penalización y com o importar preguntas de forma rápida con GIFT:
Penalización cuestionarios en Moodle 2
También se me ocurre exportar las preguntas de una categoría tal cual están ahora a ver si con una edición sencilla se puede remediar el problema. En ese caso las exportaríamos con GIFT, por ejemplo, a ver que es lo que saca y si sólo es un carácter de control se podrían editar a mano y volver a subirlas. Viendo lo que salga de la exportación podría ser muy sencillo arreglarlo (o no).
Salu2