Hola se que es un tema viejo que voy a comentarlo ya que puede servirle a alguien que actualmente le suceda los mismo.
En mi caso (el moodle lo tengo instalado localmente en ubuntu linux) que me sucedía lo mismo (el selector de temas no me tomaba el tema nuevo) simplemente cambie el permiso del directorio que contiene el tema y subdirectorios y archivos contenidos permitiendo el acceso de lectura a los mismos.
Eso fue todo al borrar el cache y actualizar la pag apareció el tema.
Slds,
Javier.-