На моем сайте структура такая: Категории факультетов, в них - подкатигории кафедр, в них - метакурсы изучаемых дисциплин, на которые запись производится не индивидуально (по фамилиям), а сразу целыми академическими группами. Для этого на сайте созданы дочерние курсы, каждый из которых содержит поделенные на группы списки студентов, изучающих в каждом семестре одинаковый набор дисциплин.
Какая структура бутет на вашем сайте - решать вам. Может быть категории кафедр а в них подкатегории курсов (в смысле годов обучения), а может без кафедр, только категории этих курсов (годов обучения). Во всяком случае, если вы записываете на один курс (в смысле дисциплину) студентов разных специальностей, то, следовательно, категорий специальностей в вашей структуре быть не может.
Правда, если это вам очень хочется, то можно вручную создать любую сруктуру (как вы создаете любой HTML-файл), в том числе и такую, где будут категории специальностей, а в них перечень дисциплин - в виде ссылок на ваши курсы. В нескольких специальностяк могут быть ссылки на один и тот же курс. Недостаток в том, что при изменении списка дисциплин этот список придется корректировать тоже, разумеется, вручную.