Hola, tengo el mismo problema ya lo busqué en los foros y por mi parte en todas las configuraciones de moodle y creo que en definitivo desde aplicativo no es posible ocultar dicha sección para los estudiantes, hasta el momento lo más efectivo para que los alumnos no puedan usar esta sección es que la cuota para archivos privados se quede en cero, esto se configura desde Administración del sitio → Seguridad → Políticas del Sitio, adicional es recomendable que en la sección de gestión de repositorios se quede "Activado pero oculto" o "Deshabilitado", y además que en la administración de bloques deshabilitar el bloque de "Mis archivos privados".
Espero alguien tenga una solución mejor que esto.
Saludos!!!!