Gracias por tu respuesta Wenceslao,
los backups son de la rama 1.9.x, he probado tanto nuevos backups descargados, como algunos que restaure en su momento, comprobando que ahora la restauración no la hace de manera correcta. Así que el problema no está ahí... me declino más en alguna dependencia propia del sistema operativo (Debian) como el libxml o libxml2 (aun no lo tengo claro).
Tras hacer un ldconfig al restaurar (intentarlo, vamos) cualquier curso me dice que "You need the XSLT library installed in PHP to open this Blackboard file". Estoy mirando qué le pasa ahora (vaya calvario!). Pero no tardaré en solucionar este contrapunto.
De todas maneras, por si fuera relevante te comento que la version del libXML y libXML2 es la 2.6.32
Gracias por la respuesta.