Al ver la sospecha de un segundo software que mostrar erro diferente (sin aviso) y con la pista del sushosin, recodamos que habiamos añadido al php.ini la directiva:
suhosin.upload.verification_script = "/etc/cxs/cxscgi.sh
Para poner en uso suhosin con CXS.
Como todavia no esta afinado, ya que las extensiones no se encontraban en el fichero de ignores, lo trataba todo como NO permitido.
Un saludo y gracias.