Me encuentro en el mismo problema, he notado que Moodle falla en la notificación por correo a usuarios que han sido cargados desde .csv (y veo que no soy el único). He podido inscribir mis usuarios individualmente gracias a que los cursos de mi institución contienen pocos estudiantes. De forma individual si funciona correctamente la notificación por correo.
-1 punto para Moodle