Me di cuenta de que algún archivo estaba mal, porque entré a través de moodle en el directorio de moodledata e intenté comprimir algunos directorios, concretamente los de las tareas. Cuando terminaba intentaba descargar el archivo comprimido y me decía que estaba corrupto. Repetí el proceso con menos directorios hasta que encontré el erroneo.
No sé si te servirá.
Un saludo