Da quello che descrivi sembra che gli utenti abbiano ricevuto un ruolo globale, ossia a livello di sistema, oppure le impostazioni dei ruoli di default non sono corrette. Sui siti migrati potresti controllare se ci sono assegnazionidi ruolo a livello di sistema. Verificherei anche la situazione in Utenti->Autorizzazioni->Politiche utente, accertandomi che i ruoli siano al loro valore di default.
Per passare un sito a Moodle 2 devi comunque migrare prima a 1.9.