Hola
No, las ventanas emergentes suelen estar bloqueadas en la mayoría de navegadores, por lo que no son aconsejables. Puedes uasr el bloque de actividad reciente que informa de los cambios y novedades en el curso o configurar el sitio para usar 'MiMoodle'. También es posible que haya algún bloque de terceros que pudiera servirte...
Salu2