Hola Claudio,
No entiendo bien tu inquietud.
Hasta donde yo recuerdo, si le asignas una contraseña a un curso y nadie está matriculado al mismo, sólo quienes reciben dicha clave pueden ingresar a él (Ej. el profesor la proporciona en su clase presencial, o bien, por mail).
Osea que al dar clic en el acceso al curso se les requiere el password.
Una vez que lo colocan, no se les vuelve a solicitar pues, al hacerlo, se matriculan y de ese momento en adelante el sistema los reconoce como "usuarios matriculados".
Entonces como que no me suena a que haya una "configuración ideal", sino que se debe seguir el modo en que Moodle opera ¿o a qué te refieres?
Saludos