Ольга, не совсем понятно, что же в результате должно получиться и что у Вас есть в начале процесса. Что значит - папкой?
Можно архив загрузить в курс, распаковать и использовать так, как нужно.
Если упражнения у Вас связаны между собой, они таковыми и останутся. Создаете упражнение Машером, архивируете, загружаете в курс, добавляете как обычный Hot Potatoes-тест (просто модуль так называется, добавить так можно любой вариант задания).
Как вариант - можно сделать в Картошках пакет SCORM и добавить в Курс его.
Можно из проектов заданий импортировать вопросы (не все) и использовать в тестах... Все будет правильно.
Можно и как ссылку на веб-страницу добавлять. Правда, системой не будет учтена оценка. Но это не всегда нужно и тоже правильно.
Удачи!