Bonjour,
j'ai le même problème et effectivement cela vient de la surcharge du cron.
Depuis ma console VMWARE (machine virtuelle également pour moi, sous CentOs), j'ai constaté que le CPU de cette machine montait en charge à 100% toutes les 10min (le cron s'exécutait toutes les 10mn). Au moment du traitement des statistiques, le CPU plantait. Lorsque je faisais un "top", je constatait que c'est mysql qui prennait toutes les ressources CPU. Faut-il changer de fersion de Mysql, je n'ai pas la réponse.
En ce qui me concerne, je fais tourner mon cron 3 ou 4 fois dans la journée et dans le paramètrage Moodle je fais attention de ne pas faire tourner en même temps les sauvegardes de cours et les stats (traitement la nuit - attention aux heures du cron pour les activer).
Résultats : le fonctionnement de moodle est satisfaisant mais pour les stats plus rien ne fonctionne malgré plusieurs essais.
il te faut aussi tenir compte des conseils suivants : http://docs.moodle.org/fr/Performance
Performance PHP, Mysql,Apache,......
Si tu as du mieux, n'hésites pas à nous en faire profiter !