Hola Federico,
En mi opinión, la forma óptima de desmatricular usuarios de un curso es a través de quitarles el rol que tengan en él (profesor, estudiante, etc.).
Para ello, ingresa a la opción "Asignar Roles" ubicada en el menú de "Administración" del curso.
Luego selecciona el rol de interés (Ej. vas a quitar alumnos o profesores), y sigue la lógica de la pantalla (su uso es intuitivo).
Ahora bien, si deseas hacerlo a través de la vista de "Participantes", verifica que del lado derecho esté habilitada la modalidad de "Lista de usuarios -> Más detalle".
Hecho lo anterior, debiera aparecerte la opción "Desmatricular" al lado derecho de cada usuario. Basta dar clic en ella y seguir las indicaciones en pantalla.
Según mi entender, el que esta opción esté o no disponible en la vista de "más detalle" no tiene que ver con que la persona esté matriculada en más de un curso.
Si no te aparece y hay una correlación con este hecho (osea que sólo la ves para los usuarios matriculados en un curso), mi impresión es que tu plataforma tiene un error.
Para tratar de detectarlo sería conveniente poner la plataforma en modo de depuración (debugging) para Desarrollador.
Saludos