Ciao Simone,
Io non consiglio l'alterazione del codice li dove non si può intervenire a livello di css perché in futuro puoi avere dei problemi di gestione dell'aggiornamento del software. È in corso una revisione del codice di composizione della interfaccia che potrebbe risultare in contrasto con le modifiche.
Puoi, comunque, cambiare a livello di css il padding delle tabelle o delle celle per ridurre le distanze horizontali, puoi sostituire le immagini invisibili di spaziamento e puoi provare a modificare gli spazi verticali nei paragrafi senza contenuto visibile. Se mi ricordo bene, ogni blocco è una tabella che contiene altre tabelle, tra i blocchi ci sono dei BR e tra i box principali del corso ci sono degli spacer.
Se decidi di modificare il php, invece, ti consiglio di documentare tutto molto bene per poter rifare le modifiche in caso di upgrading della applicazione.