Hola Javier,
Si entiendo bien, diste de alta a un usuario con su respectivo password.
Luego le asignaste el "rol" de "student" en un curso determinado.
Cuando el usuario entra a la plataforma (osea que se "autentifica"), puede
entrar al curso en el que está matriculado con el "rol" mencionado, pero
si da clic en los otros cursos le sale una leyenda que dice algo como:
"¿Está ud. a punto de matricularse en este curso? Desea continuar".
Y si el usuario continúa, adquiere también el "rol" de "student" en los
otros cursos.
Si todo esto es correcto, lo que yo te recomendaría es que le pusieras
"password" a todos los cursos, aunque esta no es la única alternativa.
para abordar el "problema".
Más información
aquí.
Saludos