ちょうどいまリストアを頼まれて，同じ経験をしました。
元Moodleと先Moodleで同じユーザ名の人が多数存在したのです。
> ユーザデータのチェックに関して、問題が検出されました。 (バックアップからユーザ xxx をリストアすることで衝突が発生します。, バックアップからユーザ yyy をリストアすることで衝突が発生します。)
ググったら
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=142720
にいろいろ書いてあるようですが，結局よくわからなったので，バックアップファイルを展開して中にあるmoodle.xmlの
<USERNAME>…</USERNAME>
となっている部分を一括で
<USERNAME>…x</USERNAME>
と置換したものを再度zipしてリストアすることで対応しました。
ユーザ名には最後にxが付いてしまいますが，とりあえず全内容がリストアされました。