Susana, creo que te estás liando "de más" ...
El asunto de los temas de Moodle es bastante simple, y no se me ocurre ninguna forma de entender lo que te ocurre, salvo lo que ya te comenté de estar haciendo las modificaciones en archivos o carpetas distintos de la que tu Moodle usa en realidad.
Tras hacer el cambio del .JPG por un .GIF, ¿has probado a borrar el archivo banner.jpg?
¿Qué sucede entonces, falla al cargar la cabecera o sigue apareciendo igual? Si ocurre eso segundo, tras borrar la caché del explorador, es que lo está encontrando en algún otro sitio ... dile a Web Developer que te muestre las rutas de las imágenes.
En una de tus respuestas anteriores creo que dices que en el archivo .css modificado por tí, sí se queda guardado el cambio por un GIF, pero con Web Developer sigues viendo que apunta al JPG. Eso no puede ser, a menos que haya dos CSS con el mismo nombre en sitios distintos ... con Web Developer puedes "Ver información de estilos" para que te diga la ruta completa.
En fin, que seguro que puedes encontrar el fallo, no busques explicaciones extrañas.
Saludos.