Что значит "реализовать субкурс"? Плагин субкурс уже реализован. Вы хотите пользоваться существующим плагином или будете создавать собственный, где появится возможность выбора экспортируемой оценки? Если вы способны сделать такое, то вам многие будут благодарны.
Что же касается существующего плагина, то, как уже было сказано выше, он экспортирует из курса Y в курс X итоговую оценку курса Y. Точка!
Вам нужно несколько оценок, но вы не объясняете каких...
Если это итог курса Y за сентябрь, итог курса Y за октябрь..., то можете создать в курсе Х несколько деятельностей субкурс, имеющие ссылку на тот же курс Y. В конце сентября заблокируете в Журнале оценок курса Х оценку, импортируемую первым субкурсом, в конце октября - вторым...
Если это оценка за 1-й модуль, оценка за 2-й модуль..., то, (как, опять же, говорилось выше), можно сделать для каждого модуля отдельный курс и импортировать оценки модулей и в объединенный курс этой дисциплины, и в объединенный курс всех дисциплин (для деканата).