Moodle2.0では，大きなコースのバックアップも可能になるとアナウンスされています．
でも，どういう方法で実現するのか（分割アーカイブ？）が，まだ良く分かりませんし，Moodle2.0登場までまだしばらく掛かりそうです．
手動のバックアップが正常に動作しない場合，自動のバックアップも失敗している可能性があります．各コースのbackupdataフォルダ内を見てみて下さい．1週間以内のバックアップがあれば良いのですが，もし存在しないようならば危険です．（このバックアップとは別のバックアップ手段を講じているとは思いますが）
何となく不安なのは，自動バックアップでのバックアップがPHP上の正しいエラーでキャンセルされるのであれば良いのですが，もしPHPが落ちてしまうようなエラーが発生した場合は怖そうですね．ラウンド・ロビン（でしたか？）のように，次のチャレンジでは失敗したコースの次からバックアップを開始する，というシステムになっていないと，毎回，同じコースのバックアップに失敗して，そこでバックアップ処理自体が停止してしまうのではないか，と．（杞憂だと良いのですが）．
fs_moodleでは，コースファイルやmoddataのバックアップを指定した条件に基づいてキャンセルする仕組みを実装中です．今回の例で言えばファイルサイズ７５０MBを超えるコースファイルはバックアップしない，という設定を行うことでバックアップ処理が（７５０MBを越えるファイルはバックアップされないけれども）完了できるようになります．
（当方でもトータルで６GBを越えるコースがあり，かなり前からバックアップに失敗していたようです）
まだ未完成ですが，開発の経過を以下に報告しています．
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=134727
http://www.suzuka-ct.ac.jp/mech/moodle/mod/wiki/view.php?id=320&page=Shirai171