Mira cuando yo lo instale en forma local no tuve ningun problema, quizas tengas algunos inconvenientes cuando quieras publicar el sitio en internet, te aconsejo que aprendas a configurar el config.php para no tener complicaciones serias.
Yamil
Hola miriam, te cuento mi experiencia...
Estoy en esto del moodle hace como 2 meses, y hace 1 pasamos (por no decir pasé xD ...) de un Servidor Windows 2003 a un Servidor Centos5 Linux.
Para ésto ya había preparado y visto las complicaciones q'en realidad no son nada difíciles; claro ahora me es fácil.
El 1er punto es tener un respaldo de tu DB, un backup completo de tu db. (en caso ya tengas información en ella).
2do, el archivo config.php , dejarlo listo para tu servidor.
listo creo yo... al menos en cuanto al moodle es todo. Todo como un copy/paste.
Ahora quizá tengas problemas con los permisos de los archivos y carpetas del moodle en linux... solucionable con chmod.
Luego de ello, los demás problemas que puedas tener los irás corrigiendo tu sola.
El lio o "truco" parte de configurar bien tu servidor y tu servicio Apache, Mysql.
Saludos.
Opté por instalar una máquina virtual! Disculpen que conteste hasta ahora, es que estuve fuera unos días 
