Devi giocare con i "privilegi" del ruolo assegnato agli studenti..tipicamente è "studente".
Per permettere di inserire file in una cartella è necessario raggruppare gli studenti attraverso le apposite risorse.
Se l'attività non è integrata all'interno di un corso ma è l'attività principale del corso, in tal caso suggerisco di non utilizzare moodle ma un software (anche in SaaS e anche gratuiti) di project management. Essi permettono gestione della timeline, dei task, dei milestone e del versioning dei documenti che attualmente non sono offerti da Moodle (non escludo che qualche add-on possa fornire qualche funzionalità aggiuntiva).