Ciao Davide,
per verificare che il puntamento alla nuova cartella moodledata sia corretto, prova a caricare un file, anche semplicemente nella pagina principale e vedi se effettivamente lo mette nella moodledata dove hai gli altri file a cui non riesce a fare riferimento...
Lo so che non è una soluzione, è solo per vedere se nella nuova istallazione, indipendentemente dal vecchio, riesce a chiudere il giro :D
Fabiana