Hola Víctor,
Los pasos para crear un repositorio están más precisos aquí.
Uno va aprendiendo y bueno, como que se van puliendo las cosas.
Pero lo que tú quieres creo que no necesita de repositorios.
Si no entiendo mal, tienes un archivo "index.html" que tiene vínculos a otros archivos Web.
En este sentido lo idóneo sería que Moodle te permitiera abrir en primer lugar dicho "index.html" y que por algún mecanismo se respetarán los vínculos a las demás cosas.
Si esto es así, la solución es la siguiente (reescribo los pasos que, creo, ya seguiste, pero es para tener el registro):
1) Ubícarse en la portada del curso y activar el modo edición
2) En la sección deseada: Agregar recurso -> Archivo
3) En la pantalla que se abra, asignar el nombre y descripción y, en la sección "Contenido, Agregar archivo", dar clic en el botón "Agregar".
4) En la ventana del "Selector de archivos", subir todos los archivos. Si son muchos, es mejor armar un "ZIP" con ellos y subir dicho "ZIP"
5) Una vez subido el ZIP. junto al nombre del archivo aparecerá el ícono de un cuadarado pequeño. Dar clic en él y descomprimir el archivo.
6) Cuando se descomprimen los archivos éstos aparecerán en la pantalla.
7) Ubicar el archivo "index.html" (o el que sea el archivo "carátula" o archivo "inicial"), y dar clic en el ícono de cuadro pequeño que aparece junto a éste. Elegir la opción "Configurar el archivo principal".
8) Esperar un momento y en la pantalla dicho archivo aparecerá en letra resaltada o letra "negrilla".
9) Configurar el resto de las opciones de la pantalla y guardar los cambios (Ej. Mostrar como ventana emergente, etc.).
Según mi entender, así es como se pueden desplegar los archivos hipervinculados.
[ Si en tu caso no se muestran los hipervínculos, ha de ser porque algo no hiciste, o bien, porque no estás usando rutas relativas sino absolutas ¿será esto? ]
Como vez, no es necesario el repositorio, a menos que sea un archivo tan grande que debas subirlo por FTP.
En este caso, habilita tu repositorio y súbelo como ZIP. Luego lo jalas desde donde sea pertinente y lo descomprimes en el paso correspondiente.
A ver qué comentas.
Saludos