五月女です.
たしかに今でもfindとgrepを組み合わせて探す事も多いですね.
xrefの一番の使いどころは他人にMoodleのコードを説明する時だったりします

私の周りはMoodle本体の開発をする人は少ないのですが(というか私だけ?),Moodleの周りで開発してる人は多いので,Moodle内部の仕組みについての質問とかに,「こんな関数使えますよ?」「ここにライブラリあります」といった感じでリンク付きで返信したりしています.
PHPXrefやPHPDocumentor形式のコメントについては,私も基本的には見よう見まねで書いてます.まとまって説明されているのはPHPDocumentorのページのマニュアルくらいしか知りません.
http://manual.phpdoc.org/HTMLframesConverter/default/申し訳ありません...
たしかに日本語の情報少ないですよね.
私も,tracはリポジトリとコメント履歴ブラウザになっています.昔からpukiwiki好きなので,結局ドキュメントはpukwikiで書いてしまうんですよね.
ただ,リポジトリとコメントの履歴ブラウズだけでもtracを使う価値があると思っています.過去の変更履歴を思い出す時に大活躍します.
全然関係ありませんが,教員からの要望と半ば趣味で,Moodle用にPukiwiki記法フィルター(PEAR::Text_PukiWikiを組み込んだ物)とgeshi(シンタックスハイライター)フィルターを作ったんですが,一般的にこんなのって需要ありますかね...?