Hola Laura…No domino bien el tema pero tratare de ayudarte.
Lo primero que haría es crear una página web sencilla y probar la concurrencia que tiene el servidor con ese sitio. Esto te pregunto porque tú dices que cuando tienes montado moodle 2.6 te pasa eso, creo que puede ser la conexión de apache y mysql. Leate esto
http://rafinguer.blogspot.com.co/2014/08/configurar-la-concurrencia-en-apache-y.html
Puede ser que la base de datos no soporta demasiadas conexiones simultáneamente o cambia de ip
Te recomiendo esto:
http://www.maia.ub.es/~sergio/linked/an_lisis_de_la_virtualizaci_n_de_sistemas_operativos.pdf


