Hola Rubi
¿Te presenta algún inconveniente matricular la cohorte y luego eliminar matriculaciones puntuales en el mismo curso?. Es decir, matriculas la cohorte. Luego vas a Usuarios/usuarios matriculados y puntualmente (manualmente) quitas a los estudiantes individualmente. Entiendo que no debería comportarte problemas. De esa manera no tocarías la cohorte. ¿Lo has intentado? recuerda indicar la versión de moodle con la que trabajas.
Saludos,
Mario