Te recomiendo que pongas estos problemas en el foro de Administradores.
De todos modos supongo que tu problema está en la configuración de Moodle, aunque por defecto se ajusta la tamaño máximo que permite PHP y Apache, parece ser que ha sido modificada a 2 Mb.
Si el ajuste el ajuste PHP upload_max_filesize y el ajuste de Apache LimitRequestBody son correctos, comprueba que permites en tu plataforma estos tamaños máximos de archivo, para eso entra, con la cuenta de Administrador en:
Administración del sitio > Seguridad > Políticas del sitio
y comprueba que en la casilla haya un 0 (o el tamaño que quieras dejar en el sitio).
Tamaño máximo del archivo subido maxbytes: 0
En cuanto a los problemas con los backups y la restauración de los cursos es probable que se te solucionen la mayoría. Si no es así, busca en los foros en inglés problemas similares, ya que las causas suelen ser variadas, en muchos casos relacionadas con los tiempos de script PHP, si el curso es muy grande no le da tiempo a ejecutar de forma completa el script de restauración.
Por otro lado, te recomiendo fuertemente que utilices la versión 1.9 ya que tiene importantes mejoras en cuanto a calificaciones y gestión de usuarios.
Un saludo.
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