Espero no llegar muy tarde.
A mi me pasó algo por el estilo (creo). mira si tienes el filtro tidy activado. Si es así desactívalo y comprueba si las ñ y las tildes se ven correctamente.
En caso afirmativo, puedes dejar el filtro tidy desactivado y ya está.
Pero en caso de que quieras tenerlo activado y que las tildes y ñ's se vean bien, debes modificar el archivo /moodle/filter/tidy/filter.php y añadirle la opción utf-8.
no recuerdo el enlace correcto, pero se que Eloy y yo estuvimos pelenado largo tiempo hasta averiguar que era y gracias al "master" Eloy
Aquí va el enlace:
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=66881
Espero que te sirva de ayuda.
Hasta pronto.
Salu2,
J. Raul (juagarc4)