Tienes que modificar los ficheros del tema que estés usando (puedes consultarlo en el menú del administrados, en Apariencia >> Temas, o algo así).
Luego en el directorio .../moodle/themes tendrás un subdirectorio por cada tema instalado. Allí dentro encontrarás los ficheros que crean el aspecto visual de la plataforma.
Saludos. Iñaki.