Vale,
Lo que pasaba es que estaba cambiando los permisos desde un gestor de FTP (FileZilla), ahora ya lo he hecho mediante putty logandome como root y todo a funcionado a la perfección, los permisos que he puesto han sido 755 mediante el comando chmod -R 755 moodle (-R para que se haga también en las subcarpetas).
La migración ha finalizado y todo funciona correctamente.
Muchas gracias a todos y espero que a alguien le pueda servir este post.
Daniel.