Olá!
Já tive esse erro quando criei um usuário do MySQL sem todos os acessos ao banco de dados. Ele na hora da atualização não conseguiu modificar a estrutura de algumas tabelas.
No seu caso, você está instalando o atualizando o Moodle?
[]'s
Gleidson Lacerda
--
Analista de Sistemas
Gfarias Consultoria - Moodle Partner Brasil