Quando accede, via HTTP, a
http://escolaeb23-m.ccems.pt, poderá estar a accceder ficheiros em qualquer parte do disco. Por exemplo, em Apache em Linux, poderá estar a acceder o directório local /var/www/moodle/.
O servidor FTP também poderá ter sido configurado com nomes simbólicos que podem apontar para qualquer parte do disco. Isso quer dizer que a estrutura de directórios do FTP não tem que ter nada a ver com a usada pelo servidor HTTP.
O meu conselho é que entre no servidor FTP (se tiver que usar um URL, deveria usar ftp://escolaeb23-m.ccems.pt. Com os programas que eu costumo usar teria que escrever "ftp escolaeb23-m.ccems.pt"). A seguir, navegue os directórios que lhe forem apresentados, até descobrir o directório do Moodle, que terá ficheiros index.php, config.php, version.php e um subdirectório "theme". Não conheço coreftp nem smart ftp, mas se forem programas gráficos, mostrarão uma lista de directórios onde poderá clicar para passar a outro. Se forem programas com linha de comandos, terá que usar algo como "ls" ou "dir" para ver a lista de ficheiros/directórios e "cd algo" para mudar a um subdirectório.
Uma vez descubra o subdirectório "theme", no directório do Moodle, lá deverá enviar o seu novo tema, criando um subdirectório diferente dos nomes dos temas que já existem. Após ter feito isso, aparecerá mais um tema (o seu) no menú de temas do Moodle.