Jomlaa adalah CMS (Content Management System) sedangkan Moodle adalah LMS (Learning Management System). Walaupun memang ada fitur yang beririsan seperti forum dan pengelolaan content tetapi tujuannya berbeda.
Contoh beberapa hal di Moodle yang tidak ada di Jomlaa: pengelolaan nilai, quiz, assignment.
Saya sendiri memanfaatkan Moodle sebagai CMS untuk situs pribadi dosen. Dosen yang sudah dapat menggunakan Moodle akan otomatis dapat membuat situs pribadinya sendiri tanpa perlu pelatihan ulang. Idealnya mungkin memang dipisah, tetapi saya pikir belum perlu untuk sekarang.