Puoi fare una pagina PHP che esegua qualche cosa e metterla a disposizione, ma il file (.php) non va caricato come risorsa da Moodle, ma caricato direttamente sul server, ad es. via ftp, così come carichi sul server tutti i file di Moodle quando lo installi.
A questo punto la pagina può essere chiamata attraverso un URL (un link) come qualunque altra pagina PHP sul server.
Quindi puoi inserire una risorsa "Collegamento a file o sito" che punta a questa tua pagina.
Il limite è che devi inserire l'URL assoluto della pagina (es. http://www.miosito.it/moodle/miapagina.php) altrimenti Moodle lo cerca come file (caricato tra i file del corso) e non te lo fa inserire.
All'URL puoi passare dei parametri. Se con questi parametri riesci a fare tutto quello che serve allora va bene.
In questo modo però non ti integri, ad esempio, con la sicurezza di Moodle che impedisce ad un utente di accedere a risorse di un corso dove non è inscritto o a un utente anonimo di accedere ad una risorsa protetta. Oppure non puoi accedere in modo comodo ai parametri di configurazione di Moodle.
Una pagina di Moodle ha una struttura ben precisa e include tutta una serie di file PHP di Moodle che permettono di fare tutte queste cose e ti mettono a disposizione una grande quantità di funzioni per eseguire tutte le operazioni normali in maniera standard, congruente con il resto dell'applicativo.
Per fare la stessa cosa dovresti "imitare" le altre pagine di Moodle, seguendone la logica e inserendo tutti gli include del caso.
Dimenta molto più comodo creare un Modulo (o un Blocco). L'infrastruttura base del modulo ti mette già a disposizione una serie di funzionalità (la possibilità di essere incluso come Risorsa, una pagina di configurazione, la chiamata per il backup ecc. ecc.).
Per creare un modulo la cosa migliore è guardarne uno di quelli standard. Possibilmente uno semplice.
Spero di essermi più o meno spiegato. Non è un argomento banale.