Получилось, правда какой-то грубоватый метод
загрузил по тому же пути где лежит старая версия, но с другим названием
$ cd /var/www/
$ git clone https://github.com/moodle/moodle.git moodle400
туда же скопировал файл config.php
в конфиге nginx /etc/nginx/sites-available/moodle root прописал /var/www/moodle400
и обновление пошло
загрузил по тому же пути где лежит старая версия, но с другим названием
$ cd /var/www/
$ git clone https://github.com/moodle/moodle.git moodle400
туда же скопировал файл config.php
в конфиге nginx /etc/nginx/sites-available/moodle root прописал /var/www/moodle400
и обновление пошло