Hola Lorenzo
Si subes un archivo con el mismo nombre y extensión de uno que ya tenías lo que estás haciendo es reemplazar el anterior. Puede que tú continues viendo el archivo antiguo, pero comprueba que tus alumnos (pregúntales) ven el nuevo o que tú mismo desde otro ordenador ves el nuevo. Si esto ocurre es una cuestión caché. La solución pasa por actualizar/refrescar la página desde el navegador o vaciar el historial de los archivos temporales.
Un saludo
Puri