Hola, sobre tu pregunta te comento que sí podrías hacerlo de esa manera, pero mi sugerencia es no "sobreescribir" los archivos que ya hubiera en esa carpeta para no mezclar versiones (podría ser que ahí quedaran archivos de versiones anteriores del plugin).
En lugar de eso, me parece más seguro sacar de ahí la carpeta "nombre_plugin" y llevarla a otro directorio del servidor, fuera de Moodle. Entonces copias la carpeta con la nueva versión del plugin ... recuerda aplicar los permisos correspondientes (chmod y chown) según la documentación.
Si por algún motivo tuvieras que volver a la versión anterior, puedes recuperarla de donde la habías puesto antes.
Para no tener problemas haciéndolo así, debes tener mucho cuidado en que la versión del plugin que hayas descargado sea compatible con tu versión de Moodle. Sobre todo porque veo que usas Moodle 3.5, que no es la más reciente.
Saludos
