Ещё, обратите внимание, .git на сервере - угроза безопасности, это всё-таки инструмент разработчика. Обязательно убедитесь, что папки .git недоступны через веб.
Хорошие плагины никогда не меняют чужие таблицы, а для всех данных создают свои. Плагины могут что-то писать в moodledata, но это вещи, которые должны делать скриптом установки, и не должны переноситься от разработчика на сервер, на проде скрипт установки должен сам всё создавать. Импортировать таблицы плагинов тоже не следует. Вы либо запускаете установку на сервере, и moodle сам всё создаёт. Либо запускаете всё локально, настраиваете, заполняете, потом переносите на сервер всю папку www, moodledata и всю бд единым дампом, который уже будет включать таблицы плагинов.
Хорошие плагины никогда не меняют чужие таблицы, а для всех данных создают свои. Плагины могут что-то писать в moodledata, но это вещи, которые должны делать скриптом установки, и не должны переноситься от разработчика на сервер, на проде скрипт установки должен сам всё создавать. Импортировать таблицы плагинов тоже не следует. Вы либо запускаете установку на сервере, и moodle сам всё создаёт. Либо запускаете всё локально, настраиваете, заполняете, потом переносите на сервер всю папку www, moodledata и всю бд единым дампом, который уже будет включать таблицы плагинов.